Este Papa mudaria a residência oficial dos Papas para a cidade francesa de Avignon no ano de 1309.
Em 1306, Felipe para escapar das violentas desordens populares em Paris, se refugiou no Templo, edifício-fortaleza sede dos Templários e na primavera de 1.307 teve a oportunidade de assistir ao ritual secreto de iniciação de um novo Templário. Esse contato mais íntimo com a Ordem provavelmente lhe trouxe a noção exata de suas riquezas e também de suas fraquezas, pois parece que a partir desse momento começou sua trama para aniquilá-la e se apossar de seus tesouros.
O seu primeiro intento para anular o poder dos Templários foi pôr-se a favor do projeto de fusão com a Ordem dos Hospitalários, um projeto sucessivamente aprovado pelos Papas que almejavam uma ordem militar mais forte capaz de reconquistar a Terra Santa para o cristianismo. Isso já havia sido proposto no Concílio de Lyon em 1274, mas sempre recebera a oposição daquelas duas Ordens. Segundo planejava Felipe, a Ordem dos Cavaleiros de Jerusalém, resultante daquela fusão, deveria ficar sob o permanente domínio do Reino Francês pois pretendia estabelecer que o Grão-Mestre seria sempre um príncipe da casa real francesa.
O projeto de fusão fracassara mas os problemas financeiros cada vez mais deixavam o reino da França em perigo. Na tentativa de levantar dinheiro, o Rei Felipe usara de todos os expedientes e até roubara e expulsara de Paris os banqueiros Judeus e Lombardos, uma medida desastrosa que acabaria por aviltar a moeda nacional.
Fracassado o processo de fusão, o Rei começou a tramar secretamente a supressão da Ordem dos Templários. Precisava apenas de uma desculpa formal para iniciar o ataque.
Na primavera de 1305, um certo Esquin de Floyran propôs inesperadamente ao Rei Jaime I, de Aragão, a revelação dos segredos dos Templários. O piedoso Rei, que conhecia de sobra o valor dos Templários, não deu ouvidos à denúncia. Esquin de Floyran voltou, então, para o Rei da França de quem parece ter recebido a promessa de parte dos despojos, e teve melhor acolhida. O rei induziu doze espiões a procurarem filiação a Ordem e entrementes procurou atrair o Papa para seus propósitos.
Clemente V, apesar de dever seu cargo ao Rei, não cedeu ao apelo tão prontamente quanto o Rei desejava. O Papa limitou-se a prometer uma inquirição rigorosa para apurar os fatos. Toda a França estava sob a jurisdição direta da inquisição e sendo o inquisidor-mor William de Paris, o confessor de Felipe, o Rei resolveu forçar a mão por aí e mandou que um delator denunciasse a Ordem à inquisição. Como de praxe nestes casos, os acusados eram primeiro submetidos ao poder civil e somente depois aos poderes da inquisição.
Em junho de 1306, usando o pretexto de discutir um projeto de organização de nova cruzada, o Papa convidou o Grão-Mestre da Ordem dos Templários, Jacques de Molay, a vir até sua presença. Imediatamente ele atendeu ao honroso convite e deixou sua sede de Chipre. Na primeira reunião com o Papa, o Grão-Mestre foi interrogado demoradamente sobre o comportamento e os rituais da Ordem. Jacques de Molay se defendeu de todas as acusações e a seguir foi visitar as instalações da Ordem na França.
Em virtude das acusações forjadas denunciadas à Inquisição, o Rei Felipe já expedira mandados de prisão contra os Templários a todas as autoridades do Reino. Jacques de Molay, tomado de surpresa, foi preso na noite de sexta-feira do dia 13 de outubro de 1307, juntamente com sessenta de seus irmãos de Paris. Haviam sido colhidos numa armadilha sem saída. Para forçá-los a confessar foram primeiro torturados pelos oficiais do Rei e depois entregues a Inquisição para novamente serem torturados se novas confissões fossem necessárias. Somente em Paris, nessa fase inicial do processo, morreram trinta e seis Templários devido às torturas. Tudo corria como o Rei desejava.
Apesar de estar inteiramente voltado para os interesses de Felipe, o Papa Clemente V não concordava totalmente com o procedimento independente da Inquisição francesa pois lhe parecia que a Ordem como um todo não podia ser julgada com base no comportamento individual de alguns de seus membros. Sua preocupação cresceu quando Felipe, sem o consultar, enviou cartas ao Rei Jaime de Aragão, ao Rei Eduardo II da Inglaterra, ao Rei Alberto da Germânia e a outros príncipes incitando-os a imitar o seu exemplo.
A 22 de novembro, o Papa expediu uma bula ordenando a todos os reis e príncipes que detivessem os Templários onde quer que se encontrassem. Provavelmente deu essa ordem para colocar o processo sob sua própria autoridade e impedir um avanço do poder secular. Essa ordem papal teve o efeito de fazer cessar todos os escrúpulos e hesitações. Na Inglaterra, os Templários foram presos em janeiro de 1308, no mesmo mês na Sicília e no mês de maio em Chipre. Em Aragão e Castela o processo foi mais difícil porque os Templários foram avisados e puseram-se em defesa em seus castelos e só foram presos depois de longa resistência.
O Papa decidiu que a inquisição deveria ser conduzida em cada país por comissários papais especiais e que o destino da Ordem como um todo seria decidido por um concílio geral que foi convocado para outubro de 1310 em Viena.
Os comissários papais, em conluio com os representantes reais, decidiram que as acusações contra a Ordem em Paris seriam usadas contra os Templários individualmente quando fossem julgados nas suas províncias. As referidas retratações feitas em Paris, de acordo com as normas de procedimento dos comissários diocesanos, foram consideradas perjúrio e punidas com a morte por fogo. Sessenta e sete Templários pereceram assim em maio de 1311.
Em maio de 1312, ele publicou a bula que transferia os bens da Ordem dos Templários, exceto os dos reinos de Castela, Aragão, Portugal e Maiorca, para a Ordem dos Cavaleiros de São João de Rodes, a Ordem dos Hospitalários.
Jacques de Molay e Gaufrid de Charney, preceptor da Normandia, foram levados a um tablado erguido em frente à igreja de Notre Dame de Paris a 14 de março de 1314.
Ali, na presença dos legados papais e do povo, eles foram instados a repetir suas confissões e receber sua sentença de prisão perpétua. Em vez disso, eles se valeram da oportunidade para, ante as milhares de pessoas reunidas, mais uma vez retratar suas confissões e protestar a inocência da Ordem. O Rei Felipe, o Belo, sem esperar previamente por resposta a uma consulta à Igreja para saber que destino dar aos dois Templários, ordenou que fossem queimados.
Uma palavra deve ser dita sobre a importância e a queda dos Templários perante a História. A Ordem, além de ter detido o avanço do Islam tanto no Oriente como na Espanha, havia criado um novo conceito de cavalaria ao conseguir-lhe a sanção religiosa. Depois dos Templários, as Ordens de Cavalaria assumiram grande influência em todos os campos da sociedade européia, destacadamente no campo da beneficência.